L'Istituto nasce nel 1938 come Istituto Magistrale Associato, poi legalmente riconosciuto con D.M. n.249 del Registro Generale dell'ENIM.
Alla fine della guerra l'Italia e la Scuola si ritrovano con responsabilità nuove: educare i giovani a prendere coscienza delle responsabilità derivanti dalla conquistata libertà.
L'a.s 1948-1949 si chiude con questo proposito, ma è anche l'ultimo anno scolastico in cui l'Istituto Magistrale di San Giovanni Rotondo funziona come istituto non statale legalmente riconosciuto, diretto dal Preside prof. Luigi Di Maggio.
Dal 1949-1950 al 1952-1953 l'Istituto Magistrale Statale di San Giovanni Rotondo è Sezione staccata dell'Istituto Magistrale "C. Poerio" di Foggia. L'autonomia infatti, decretata con D.P.R. istitutivo datato 19 settembre 1952, a firma del Presidente della Repubblica Luigi Einaudi, avrà pratica attuazione l'anno successivo e cioè nell'a.s. 1953-1954, anno in cui l'Istituto Magistrale di San Giovanni Rotondo parte con un proprio organico.
E' dunque il D.P.R. del 19 settembre 1952 l'atto di nascita dell'Istituto. La presidenza è affidata al prof. Antonio Bianchi che guiderà l'istituto per quasi trent'anni.L'esperienza dell'indirizzo Magistrale si conclude defitivamnete per effetto del D.I. del 10-03-1997 che ne ha decretato la soppressione.
Negli anni successivi è merito del preside prof. Donato Muscarella aver, visto il ritardo della riforma della scuola, attivato alcune sperimentazioni, attuate sempre con progetti mirati ad offrire curricoli moderni, in grado di adeguare il lavoro scolastico con i cambiamneti della società.
- Nel 1993 viene attivato il Liceo Linguistico sperimentale "Brocca".
- Nel 1998 vengono autorizzati il Liceo Socio-Psico-Pedagogico sperimentale "Brocca" e il Liceo delle Scienze Sociali sperimentale autonomo.
- Nel 1999 parte il Liceo Scientifico Tecnologico sperimentale autonomo.
Dal 2004 al 2008 il Dirigente Scolastico prof. Paolo Gentile, insieme a tutti gli operatori scolastici ed al Consiglio d'Istituto, ha potenziato e aggiornato le dotazioni tecnologiche ed informatiche. Attingendo a finanziamenti nazionali ed europei sono stati acquistati laboratori polivalenti per la diffusione della cultura umanistica, scientifica, linguistica e tecnologica.
Inoltre l'Istituto si sta aprendo all'Europa con l'attivazione di una serie di progetti di partenariato scolastico Comenius e progetti PON, finanziati dalla Comunità Europea. Tali progetti contribuiscono all'arricchimento dell'offerta formativa. Nel triennio 2009-2012 il Dirigente Scolastico Prof.ssa Teresa Lauriola ha "traghettato", con professionalità e dedizione, il nostro Istituto attraverso le novità introdotte dal riordino del sistema dei Licei.
Nei suoi tre anni di permanenza (2012-2015) il Dirigente prof. Pasquale Palmisano ha contribuito al rinnovamento organizzativo dell'istituto.
Il prof. Antonio Tosco, Dirigente Scolastico dal 2015 al 2024, ha guidato l'Istituto verso le novità introdotte dal nuovo sistema di valutazione e della "Buona scuola", ha contribuito alla nascita del Liceo Musicale e, successivamente, ha affrontato con competenza e dedizione le difficoltà e la complessità degli anni del Covid-19 e le nuove sfide progettuali poste in essere dai fondi del PNRR.